1. 流域水生态环境保护研究
开展水生态调查评估，水生态系统过程机理，以及水生态系统恢复与修复技术研究；开展流域水环境精细化治理、成效评估与管理支撑研究；开展复杂水体水生态环境精准模拟和智慧流域决策支持研究；开展饮用水源水质安全系统保护研究；开展流域水环境政策和水生态环境区划、规划研究。
2. 大气环境研究
开展南海和粤港澳大湾区大气污染成因和传输机理研究，探索海洋-陆地-大气环境相互作用过程与机理；开展重点行业污染物和温室气体协同控制技术研究；开展大气污染演变机制与天气气候相互作用的观察与模拟研究，开展PM2.5和臭氧（O3）协同控制研究；开展大气污染物及温室气体排放核算分析及其管控政策研究；开展持久性有机物（POPs）及汞国际履约相关工作。
3. 固废污染防治与矿山修复研究
面向固体废物、重金属和矿山生态环境保护的问题与需求，开展污染物代谢路径机制与耦合模型、污染成因与控制方法、有价资源综合利用理论方法研究；研究矿山污染调查评估、源头防控、治理修复、监测预警等关键技术与管理政策；研发固体废物源头深度减量、过程高效利用、末端无害处置等减污降碳技术装备；开展“无废城市”建设方法体系研究，推动“无废湾区”建设；开展固体废物风险识别与精细化管理研究；开展产业生态化理论方法与绿色低碳发展构建技术研究；开展固体废物、重金属和矿山环境保护等领域成果转化应用；推动形成引领国际的固体废物全过程防控技术链条，打造多源固废、多尺度深度耦合的低碳循环技术体系；构建全国矿山生态修复平台。
4. 土壤与地下水生态环境研究
面向土壤和地下水生态环境保护的问题与需求，开展土壤、地下水污染物环境行为、迁移转化、生态效应与环境风险形成机制等基础研究，研发污染调查、风险评估、风险管控与治理修复、预警、溯源等关键技术，研发地下水污染物调查、功能区划、风险防控与治理修复、评估等关键技术，开展土壤和地下水风险防控与管理政策研究。
5. 农村生态环境研究
开展农村环境问题、政策、标准和污染控制技术研究，流域面源污染发生机理、农村环境综合整治与农业面源污染防治技术与模式研究；开展农业农村生态环境保护等领域成果转化应用。
6. 城市生态环境研究
开展城市生态质量评估、生态观测、监测方法、标准研究和平台建设；开展城市生态环境过程与调控机理研究；开展气候变化与城市生态响应的耦合关系及气候适应性城市生态文明建设研究；开展城市生态空间管控技术和生态安全风险与防控研究；开展生态文明建设制度创新的技术方法与政策体系研究；开展粤港澳大湾区城市群绿色发展和生态环境管理的基础理论与方法研究。
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